圣约翰科技大学的前身是1967年设立的新埔工业专科学校，创校资金主要来自基督教台湾圣公会、上海圣约翰大学与圣玛利亚女校在台校友会。创校当时原本拟用圣约翰大学或工商学院名义申请在台复校，然而当时教育部已经停止开放设立新的私立大学提倡设立专科学校，只好改办工业专科学校，校名采用学校所在地淡水镇新埔，命名为新埔工业专科学校。
1993年因新增设商业课程，校名改为新埔工商专科学校。1999年改制为新埔技术学院，开始招收大学部学生。2003年正式更名为圣约翰技术学院。2005年符合科技大学改制条件改制为圣约翰科技大学。