设置的本科专业有：水利水电工程、水文与水资源工程、港口航道及海岸工程、农业水利工程，水利水电工程英文教学试验班均按水利类专业大类招生。
水利水电工程专业
该专业主要研究水利水电工程建设的基本理论和基本规律及工程设计、施工管理方法。专业特点是：重点在大型水利水电工程，兼顾中型工程，设计、施工与管理结合。
培养具有水利水电工程的规划、勘测、设计、施工、管理和科学研究等方面的专门知识，德智体美全面发展，有创新精神和实践能力的水利水电工程建设的复合型高级工程技术人才和管理人才。该专业在全国40余所大学该专业中位居前列。
主要专业课程有：材料力学、结构力学、水力学、土力学、岩石力学、工程地质、工程测量、建筑材料、工程水文及水利计算、水资源规划及管理、工程经济、钢筋混凝土结构、钢结构、水工建筑物、水电站、水利水电工程施工、水利水电工程管理等。
毕业生可在水利、水电、电力、土木建筑等相关行业的部门及科研院校从事规划、设计、施工、管理及科研教学等工作。六十年来，该专业为我国水利水电工程建设输送了近万名优秀人才。该专业现有国家“973”项目首席科学家1名。
水文与水资源工程专业
该专业主要研究水文信息采集与处理、水文分析与计算、水文预报、水旱灾害防治、水资源特别是水电能源开发利用、水环境工程、水政水资源和水环境管理方面的理论和分析、设计方法。专业特点是：信息采集与分析计算结合、理论研究与技术应用并重。培养计算机、外语、经济管理能力强、综合素质高，能从事水文水资源、水电能源开发、水环境保护方面的勘测、规划设计、预报预测、调度管理和科学研究的复合型高级工程技术人才和管理人才。
该专业在全国30余所大学同专业中位居前列。该专业现有国家“973”项目首席科学家1名。
主要专业课程有：水力学、河流动力学、气象与气候学、水文学原理、地下水、水文信息学、数学规划、水利工程经济、水文预报、水文分析及计算、水资源规划及管理、水资源系统调度、水环境规划及管理等。
毕业生可在水利水电、电力、城市水务、交通、环境保护等部门及科研院校从事水文、水资源及环境保护方面测验、规划、设计、预报、调度及科研教学等工作。
港口航道及海岸工程专业（河流工程方向）
该专业在武汉大学已独办50多年，着重研究港口、海岸、航道及河流工程的规划、设计、管理基本理论和技术。专业特点是：结构工程与流体工程并重、治河防洪与港口航道兼顾、数学模拟与物理模拟结合。
培养厚基础、高素质、强能力的复合型高级工程技术人才和管理人才。该专业现有国家“973”项目首席科学家1名。
主要专业课程有：材料力学、结构力学、水力学、土力学、工程水文及水利计算、河流动力学、河流模拟、治河防洪工程、水工建筑物、河流管理学、港口航道工程学等。
毕业生可在江河治理、防汛指挥、流域管理、水利水电工程及港口航道工程等部门和科研院校从事规划、设计、施工、管理及科研教学等工作。
农业水利工程专业
该专业主要研究水利工程的勘测、规划、设计、施工和管理的基本理论及技术，研究水资源系统分析和优化配置的理论及实践、灌区工程的现代化等。专业特点是：规划与设计并重、建设与管理兼顾、厚基础、强能力、宽适用面。
培养具有坚实的水利工程学科基础理论和基本知识，能从事水利工程的勘测、规划、设计、施工、管理、经济分析、实验研究及教学科研等方面工作的复合型高级工程技术人才和管理人才。该专业在全国30余所大学该专业中位居前列。该专业现有中国工程院院士2名。
主要专业课程有：材料力学、结构力学、水力学、工程地质（含水文地质）、土力学、建筑材料、钢筋混凝土结构、工程水文及水利计算、工程经济、灌溉与排水工程学、水资源规划及利用、水工建筑物、水泵及水泵站、水利工程施工等。
毕业生可在各级水利、水电、水务及水环境、水保、土地开发、土木等部门和科研院校从事水利工程勘测、规划、设计、施工、管理及科研教学等工作。
水利水电工程英文教学试验班
该试验班面向水利水电工程的勘测、规划设计、建设管理及科学研究，培养基础扎实、专业能力强、综合素质优，具有国际化视野的水利工程领域高级专门人才。
该试验班自2011年起开设，在二年级学生中报名遴选。试验班专业基础课和专业课实行全英文教学，实验报告、作业及课程设计、毕业设计（论文）均要求用英文完成。
主要专业课程有：理论力学、材料力学、结构力学、土力学、水文学、河流动力学、水资源规划及管理、钢筋混凝土结构、灌溉排水工程、水工建筑学、水利工程施工、工程项目管理。
毕业生可在各级水利水电、水务及水环境、水保土木、电力交通、江河治理防汛、流域管理等部门和科研院校从事国际交流合作及涉外工作和规划、设计、施工、管理及科研教学等工作。
