学校分为武汉校本部、天津校区等五个辖区，总面积2280亩，实行武汉和天津两地办学，校本部位于有东方芝加哥之称的武汉市中心，硚口区解放大道，占地1380亩，校园树木葱茏，碧草如茵，环境优美，是读书治学的理想园地。为满足学校发展需要，校本部将集中搬迁至武汉市黄陂区前川街道，占地1000余亩，新校区设施全面升级，预计2014-2015年投入使用。
经过半个多世纪的建设，学校建成了融服务教学科研、提高生活质量、美化校园环境于一体的新型后勤保障体系。校园绿化覆盖率达到了74%，在充分利用社会资源、引入竞争机制的基础上，餐饮伙食、商业服务、卫生保洁等方面完全实现了社会化保障，学员课余生活舒适便捷。
跨入新世纪的海军工程大学，将积极迎接新军事变革的挑战，解放思想、开拓创新，努力将学校建设成一所特色鲜明、军内一流、国内知名的高水平海军综合大学！