原中国人民解放军军需大学
原中国人民解放军军需大学隶属于总后勤部。学校建设和发展可追溯到1904年清政府的北洋马医学堂，1953年由军委高级兽医学校与第二、三、四兽医学校合并组成中国人民解放军兽医大学。1992年8月，经中央军委批准更名为"中国人民解放军农牧大学"，1999年4月更名为"中国人民解放军军需大学"， 2004年8月29日，中国人民解放军军需大学番号撤销，并与原吉林大学合并。
合并以后
2000年6月12日，根据国务院关于高教管理体制改革和局部结构调整的决定，经教育部批准，原吉林大学与吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建新的吉林大学。合并之后，由于规模庞大，又分布在长春各处，有“美丽的长春市坐落在吉林大学校园当中”的美称。
2002年1月13日，珠海市与吉林大学签订《珠海市人民政府、吉林大学合作建设吉林大学珠海校区协议书》，建立吉林大学珠海校区。
2004年5月20日，根据中华人民共和国教育部《教育部关于同意吉林大学与珠海兴国教育投资有限公司合作试办吉林大学珠海学院的批复》，试办吉林大学珠海学院。吉林大学珠海学院为独立学院。
2004年8月29日，中国人民解放军军需大学番号撤销。吉林大学与中国人民解放军军需大学合并，中国人民解放军军需大学更名为吉林大学和平分校，相对独立办学，具有独立法人资格。
2005年1月7日，根据《关于军需大学并入吉林大学后管理东荣大厦模式的若干意见》，明确了“军需大学并入吉林大学后，成为吉林大学的一个校区（和平校区），改称农学部。学校对学部实行统一领导和管理，按学校授权，学部相对独立管理校区事务”。军需大学的军校时代正式结束。
2006年9月，举行了合校六周年暨建校六十周年校庆。
2007年3月19日，吉林大学财务处在校内网站公布《关于召开征集解决学校财务困难建议座谈会的通知》（校财字[2007]9号）。通知中表示，从2005年起，每年贷款利息支出1.5亿至1.7亿元，大学财务出现困难，“向广大师生征集具有建设性、操作性强的合理化建议”。
2007年12月11日 吉林省人大常委会第三十九次会议通过任命吉林大学党委书记张文显为吉林省高级人民法院副院长、审判委员会委员。
2008年1月13日 吉林省第十一届人民代表大会第一次会议闭幕，吉林大学党委书记张文显当选吉林省高级人民法院院长、党组书记。
朝阳校区鸽子楼
2008年3月23日 中组部在全校干部大会会上宣布原兰州大学党委书记陈德文就任该校党委书记，免去张文显党委书记职务。
2008年11月7日 中组部在全校干部大会会上宣布原山东大学校长展涛就任吉林大学校长，免去周其凤吉林大学校长职务，周其凤转调为北京大学校长。
2009年6月11日，吉林大学党委常委会议研究通过了新的《吉林大学学术委员会章程》，并启动了各级学术委员会换届调整工作。