创办于1997年，为国内最早一批招收本科制药工程专业的高校，现为国家级特色专业。本专业培养具有医药学、化学和工程学基础知识、具备能够解决制药工程实际问题能力的高级技术人才，符合制药工业企业、工程设计及新产品、新技术研发所需的高级工程技术人员。本专业师资力量雄厚、主编或参编包括国家精品教材在内的教材10余部；教研成果获得国家级二等奖、省级一、二等奖等奖励。
主要课程：无机与分析化学、物理化学、有机化学、生物化学、化工原理、药学微生物学、医学基础、药理学、药物化学、药事管理学、药剂学、药物分析、药用高分子材料、制药工程原理与设备、制药工艺学、制剂工程技术与设备等。
毕业生可以从事药品生产、GMP工程设计、新药研制、企业管理、药品监督管理、药品质量检验、医药营销等方面工作，或攻读更高的学位。本专业融合了化学、药学、化学工程与技术、生物工程与技术等领域的知识，毕业生适应面广，能力强，深受用人单位的欢迎，近年来本专业毕业生一次就业率近100%。