生化制药专业是我系为了适应制药企业对高端技能型人才的需求于2013年新增的招生专业。在制药企业由“中国制造”到“中国创造”的产业转型中，对于技能型人才的渴求日益旺盛。该专业秉承山东省技能型特色名校重点建设专业——生物应用专业的建设基础，立足于鲁西南医药带，致力于培养在药品生产、质量控制、销售等方面的专业人才。
本专业依托济宁职业技术学院医药中间体研发中心，与企业积极开展横向合作，实现校企双向互聘，拥有一批实践经验丰富、技术力量雄厚的师资队伍。与鲁抗医药、齐鲁医药、菏泽睿鹰、菏泽东药、鲁南制药等大型骨干企业建立了密切的合作关系，实习渠道通畅，就业起点高。实行“双证书”培养，学生毕业时可获取专科毕业证书和药物分析工、制剂工等职业资格证书。