中丹学院成立于2011年9月，是中国科学院大学中外合作办学机构，承担着中丹科研教育中心（简称中丹中心）的教育功能。
中丹中心是由中国科学院大学与丹麦科技创新部（现更名为丹麦科学创新教育部）和丹麦哥本哈根大学、奥胡斯大学、南丹麦大学、奥尔堡大学、洛斯基勒大学、丹麦科技大学、哥本哈根商学院和哥本哈根信息技术大学共同发起创建的科教合作平台。中丹中心全面运行后，将拥有来自中国、丹麦及其他国家的100名科研人员和350余名研究生，与350余家在华丹麦企业建立紧密联系。
中丹学院以学科最前沿的知识为基础，全英文授课，采取国内外先进的教学方法，倡导跨学科思维，鼓励创新意识。中丹学院实行中丹双导师制，博采中丹科教优势资源，联合培养具有国际视野和国际竞争力的高端人才。中丹的毕业生将分别获得中国科学院大学和丹麦合作大学的学位。中丹学院目前开设的专业有：环境科学、神经生物学/生物物理学、纳米科学与技术、化学工程/生物化工、创新管理、公共管理和组学七大领域。
2008年5月 丹麦科技创新部和丹麦高校联盟代表团访问中国
2008年9月 中国科学院研究生院（现为中国科学院大学）评选为共建丹麦大学海外中心的首选推荐合作伙伴。
2008年10月, 中丹双方签署《中国科学院研究生院与丹麦科技创新部、丹麦高校联盟合作备忘录》.
2009年9月 丹麦工业基金会捐赠8000万丹麦克朗用于建设雁栖湖校区的中丹大楼
2010年4月 中丹双方在人民大会堂签署《中国科学院研究生院中国-丹麦科研教育中心合作伙伴协议》（伙伴协议）和《中国科学院研究生院雁栖湖校区中国-丹麦科研教育中心建设、维护和运行协议》（大楼协议）。
2011年9月 中丹学院成立
2012年9月 中丹学院第一批4个专业的学生入学
2013年9月 中丹学院第二批7个专业的学生入学